EN EL AÑO 1141 el conde Pedro Alfonso, descendiente de los fundadores, después de reunir las antiguas propiedades del monasterio, entregó este último a una comunidad de monjes y a su abad Alfonso. En 1151, el mismo conde y su mujer donaron el patronato del monasterio a Alfonso VII, y también en ese año el mencionado monarca otorgó a Lapedo un privilegio de inmunidad y la confirmación de sus derechos y propiedades. Santa María de Lapedo, que en la segunda mitad del siglo XII estuvo ocupado por una comunidad benedictina, se incorporó a la federación de monasterios que presidía Carracedo a mediados del siglo XII. Una bula del papa Inocencio III, del año 1203, instaba a los monasterios afiliados a Carracedo, a que llevasen a cabo su incorporación formal a la orden del Císter, por lo que numerosos estudiosos creen que alrededor de ese año comenzó la observancia cisterciense en el cenobio belmontino. No se conserva ningún vestigio de la iglesia románica de este monasterio, que fue construida en tiempos del abad García Menendi (1163-1187) y consagrada en 1187 por el obispo Rodrigo. El templo románico se derribó a finales del siglo XVI con el fin de levantar otra iglesia de mayor capacidad, que tras la desamortización sería utilizada como cantera de varios edificios municipales y de numerosas casas de Belmonte. De este último templo, construido en estilo purista, se conserva una pequeña parte de sus muros en el lugar conocido como El Convento, en el que se asentaba el monasterio; otros restos de la iglesia del siglo XVI se encuentran en varios edificios del pueblo, por ejemplo, algunas columnas del claustro. En el palacio de Doriga también se conserva un león que formaba parte de la decoración de un sepulcro gótico. Al haber desaparecido totalmente la iglesia románica de Lapedo poco se puede decir sobre su estructura, aunque a la vista de que su consagración coincide con la ocupación benedictina, y dada la fecha de consagración en 1187, cabe pensar que sus trazas hayan seguido el esquema existente en otros cenobios de la orden, como Cornellana, con tres naves y triple ábside semicircular escalonado.