ESTÁ CONSTRUIDA EN SILLERÍA y mampostería, formando una nave de cuatro tramos, y cabecera rectangular. La nave se cubre con bóvedas de lunetos sobre arcos de medio punto que descargan en ménsulas. El crucero se forma bajo una cúpula sobre arcos de medio punto y pilastras toscanas de tipo cruciforme. Al sur de la nave se adosaron otros volúmenes, como el de la torre en el último tramo, y la sacristía junto a la cabecera; otro espacio que sirve de baptisterio se encuentra al norte de los dos primeros tramos. El ingreso en arco de medio punto moldurado se abre al sur en el penúltimo tramo. Es un edificio construido en varias etapas, de las que lo más antiguo corresponde a los muros de sillería de la nave del siglo XIII o XIV, cuya estructura debió de reaprovecharse en las obras del siglo XVI, cuando se abovedaba el interior. Las obras de este templo, sufragado por los condes de Hervías, se prolongaron hasta el siglo XVIII, diferenciándose las ampliaciones por el uso de mampostería. En el interior los muros completamente lisos están revocados y pintados, y carecen de impostas u otros elementos que pudieran pertenecer a la época de su construcción. Procedente de la antigua iglesia románica es la pila bautismal que se ha conservado, y que se encuentra en el baptisterio, a los pies de la iglesia. Es de tipología en copa, y se compone de un pie cilíndrico muy corto, liso y moderno, y una taza semiesférica algo achaparrada. Mide 80 cm de altura total x 118 cm de diámetro del brocal, y 19 cm de altura del pie (moderno) x 61 cm de altura de la taza. La taza se decora con dos frisos: el inferior de arcos de medio punto entrecruzados, apoyados en finas columnas con capiteles, y el superior con vástagos serpenteantes perlados, rematados en palmetas de las que surgen piñas (ataurique). El interior de la taza tiene gallones cóncavos. Su ejecución es fina y esmerada, siendo difícil adscribirla a ningún taller. Probablemente fuera ejecutada por un artesano local que recibió influencias de las pilas de las sierras de Cameros y Demanda, como denota el friso inferior de arcos, y también de las del valle del Oja-Tirón en el tratamiento del friso superior de roleos vegetales. Al haberse realizado estas últimas a finales del siglo XII, Minerva Sáenz Rodríguez consideró que la de Canillas debía de ser algo posterior, con algunas semejanzas con la de la iglesia parroquial de San Esteban en Valdorros (Burgos), que tiene idéntica forma de copa sin apenas pie, y una galería de arcos de medio punto apoyados en columnas y capiteles. La fuente es románica de finales del siglo XII o comienzos del XIII. Su estado de conservación es bueno, aunque el pie no es el original.