LA IGLESIA DEBIÓ DE SER ROMÁNICA en sus principios, si bien ahora, de la vieja fábrica, nada se conserva. Solamente, incluida en el muro, a la izquierda de la puerta de entrada, y un poco en alto, existe una inscripción difícilmente legible que fue indudablemente la de la iglesia primitiva. Parece leerse ECLESIA, claramente, en el segundo renglón, y en el cuarto la fecha muy clara también ERA MCCLII (1214). La inscripción es muy tosca y muy desgastada. Se aperciben las eses de dos tipos: cuadrada y uncial. Escagedo, que vio la lápida, y la fotografió para que Fita la publicase, se refiere a ella en los siguientes términos: No he de citar aquí la lápida de consagración de la iglesia de Villapaderne, mi primera parroquia... corresponde al año 1214, en que Mauricio, obispo de Burgos, dedicó la iglesia a San Emeterio...”. En la nota, a pie de página, da la siguiente transcripción que nosotros, dada la situación borrosa de las letras, en muy poco hemos podido asegurar, casi sólo en la determinación concreta de la Era que es lo más claro: /DI NE D V NON CON/ SECRATA E ECLESIA / ISTA ME MARCIO FE II / ERA MCCLII I D STI / IMTERICO DEDICAVIT / ...URICIUS B / .../. Que Fita lee –creo que con bastante imaginación–: I(n) D(e)i n(omin)e die V non(as) consecrata e(st) ec(c)lesia, ista me(nse) Marcio Fe(ria) II era MCCLII i(n) d(ie) s(anc)ti Imterico dedicavit (eam Ma) uricius B(urgensis episcopus). Que traduce así: “En el nombre de Dios. En el día V de las nonas fue consagrada esta iglesia en el mes de Marzo, era 1252 (año 1214), en el día de San Emeterio en el que la dedicó Mauricio, obispo de Burgos”. Hubo pues, una iglesia románica tardía en Villapaderne, que desapareció en la construcción actual. De aquella iglesia destruida parecen conservarse, también, tres canecillos en el muro norte, con una simple decoración de tres baquetones horizontales. Sin duda fue la iglesia consagrada por el obispo Mauricio, de Burgos, el mismo que consagraba en 1222 la iglesia de Cabria, cerca de Aguilar de Campoo. La pila bautismal es interesante por tener embocadura cuadrada, aunque la cuba se transforma a media altura en cilíndrica. Lleva en su cara frontal un crucificado en postura plenamente románica. Son sus medidas: diámetro, 61 cm; alto de la cuba, 56; borde o ancho de la embocadura, 9 cm; altura de la base, 17 cm. El resto de la iglesia es de los siglos XVI-XVII. La cabecera actual es cuadrada, de terceletes y combados, con cinco claves: llaves de San Pedro, flor central de ocho pétalos, una espada entre dos estrellas, etc. La nave es de dos tramos también con bóvedas de crucería. El arco triunfal es gótico.